Entre 1643 y 1649 se añadieron dos nuevos tramos a la nave central y una nueva fachada a los pies, que después desaparecería. Siguiendo los planos del arquitecto de Alfaro, Domingo Aguerri, los artífices de esta obra fueron el cantero guipuzcoano afincado en Calahorra Domingo Osabiaga y el maestro de obras corellano Esteban Echeverría. Entre 1696 y 1707 se realizó una trascendental ampliación con una nueva cabecera y crucero sobre el viejo ábside y nave medieval y de sendas naves laterales. Finalmente entre 1712 y 1721 en una nueva ampliación, se ejecutó todo el cuerpo de los pies con su fachada y sus dos torres, interviniendo en esta última fase constructiva los maestros Juan de Argós, su hijo Juan Argós Alduan, Juan Navarro y Juan Antonio Ximénez y Romano, a quien probablemente correspondió también el diseño, siendo el más famoso.
En 1761 se realizó la reconstrucción de la cúpula; en 1777 se acometió la parte ornamental de la fachada de la última ampliación y que todavía no se había realizado; en 1794 Juan José Arigita realizó la construcción de un nuevo acceso directo a la iglesia por la puerta de la calle la Reja, modificando el anterior, previa permuta con al Marqués de San Adrián de la capilla de Ntra. Sra. del Camino, modificando también la fachada de la calle la Reja, y entre 1797 y 1798, este mismo maestro de obras llevó a cabo la consolidación de las torres.
Así acabó, entre obras de apuntalamiento y contención, este siglo XVIII, el más glorioso para la historia del arte corellano.