Ocupa todo el frente de la capilla; es de un barroco sereno, bien concebido, rico en su esplendidez dorada y en imaginería. Cuatro columnas corintias de fuste acanalado y adornadas con guirnaldas que se enlazan, sostienen una cornisa trazada a la altura y medida de la cornisa general de la iglesia. Estas cuatro columnas distribuyen el retablo en tres calles verticales, de las cuales las dos extremas descansan sobre basamentos que, a su vez, reposan en el zócalo que corre por detrás de la mesa del altar; estos dos basamentos se componen cada uno de dos pilastras decoradas con lambrequines en cascada, encargados de sostener las columnas y de dos grandes y bellos escudos con las armas de José de Armendáriz, Virrey del Perú que mandó construir este retablo (sobre las cuales se ha repintado el escudo de San Benito) que ocupan el espacio libre dejado entre las pilastras.
La calle central arranca directamente sobre el zócalo, con un Tabernáculo ochavado con templete expositor, columnas y cupullín de doble e invertida curvatura; sobre él, encuadrado en un amplio marco que se cierra en arco de medio punto, hay un espléndido relieve policromado de la Encarnación, que ocupa, como titular de la iglesia, el lugar preferente, mientras en los laterales, sobre nichos colocados un poco más bajos, estaban las estatuas de San Fermín y San Francisco Javier.
Sobre la cornisa y ocupando el medio punto de la pared hay un ático partido, con dos cuadrantes laterales muy decorados y un cuerpo, el correspondiente a la calle central, enmarcado por columnas corintias acanaladas y cubiertas de rocallas; en este cuerpo hay una hornacina plana que alojaba una buena imagen de San Gregorio Magno, y sobre ella, coronando el retablo, un cielo de nubes y querubines con el Espíritu Santo.
Los dos retablos colaterales están hechos por la misma mano, son iguales entre sí y análogos al del altar mayor. Se componen de un cuerpo principal, resaltado en su parte central, que se apoya sobre un banco tallado, con Sagrario en medio y ménsulas y pilastras laterales. Este cuerpo tiene cuatro columnas iguales a las del altar mayor; las dos adelantadas se coronaban con angelotes sentados y las retrasadas con pináculos de alcachofa; entre las columnas adelantadas se aloja el cuadro motivo esencial del retablo.
Sobre la parte resaltada se levanta otro cuerpo a manera de ático que tienen una hornacina de concha en el centro; en la del Evangelio estaba la imagen de San Francisco de Borja y en la epístola San Francisco de Asís.
El mérito principal de estos retablos, que participan de todas las alabanzas dedicadas al mayor, reside en los dos magníficos lienzos de José Ximénez Donoso (1628-1690), dedicados el del evangelio a Nuestra Señora del Socorro y el de la epístola a los hermanos San Benito y Santa Escolástica. El primero no lleva la firma del autor pues se trata de una versión libre del cuadro que en 1681 pintó Claudio Coello para la sacristía de San Martín Pinario en Santiago de Compostela y el otro está firmado y fechado en 1668.
En la iglesia también se pueden ver los retablos traídos de la iglesia de la Merced a raíz de su derribo, como el Santo Cristo y Ntra. Sra. de los Dolores, Santa María de Cervelló, San Bernardo, San José y Santa Ubaldesca.