Inicialmente, el órgano estaba junto al presbiterio, en 1648 se le trasladó a la parte ampliada de la iglesia y en la ubicación actual se instaló el 23 de Septiembre de 1732.
Se compone, como es natural, de instrumento y caja. En 1604 se firmó un contrato con el fabricante de órganos de Sangüesa Juan de la Fuente, para construir un órgano como el de San Pedro de Viana. No obstante no lo debió hacer pues en 1618 el Ayuntamiento contrató con Guido Baldo Fulgencio, organista italiano residente en Calatayud, la construcción de dos órganos para las dos parroquias existentes, San Miguel y Ntra. Sra. del Rosario.
Parece que esta vez se cumplió el contrato, especificándose que se entregarían uno la víspera de la festividad de Ntra. Sra. del Rosario y el otro, la víspera de San Miguel.
Parece que de todo lo existente en la actualidad, la caja fue trazada por Marcos de Angós y ejecutada por José de Lesaca, maestro ensamblador de Lerín y José Serrano, escultor de Tudela, que hizo los cuatro angelitos (1732); el instrumento musical lo reformó el maestro organero José de Ripa, también de la población de Lerín.
El campanero de cada parroquia, era el responsable de atender el fuelle del órgano en su funcionamiento. Así ya en 1763, consta el nombramiento de campanero y fuellista, para la parroquia de San Miguel, en la persona de Isidro Buñuel Estañán, teniendo derecho a salario y a la vivienda en la casa de dicha iglesia.
Puede tratarse del órgano que pudo adquirirse con parte de la fortuna que donó Doña Marcelina Bisié (1814-1881), para adquisición de dos órganos, uno para cada Parroquia, entre otros fines a los que señaló se destinase su herencia.
