El interior de la iglesia de San Miguel ofrece un aspecto capaz, luminoso y ricamente adornado. Su planta es de cruz latina, con un presbiterio que ocupa todo el cuerpo de cabecera, un amplio crucero terminado en capillas laterales y un brazo mayor compuesto de tres naves, separadas entre sí por pilares de base cuadrada, sobre las cuales se retallan las pilastras que recogen los arcos principales del edificio.
La nave central es alta y bien proporcionada; se compone de tres cuerpos sucesivos cubiertos con bóvedas de arista y tiene dos buenos púlpitos realizados en 1764. En los pilares centrales, sobre repisas barrocas se colocaron en la reforma de 1948 dos preciosas esculturas, una de Santiago y otra de San Agustín.
El coro se sitúa a los pies, en alto sobre la nave central. Una hermosa cúpula elíptica se alza sobre el tambor octogonal en el tramo central del crucero y una bóveda de horno cierra el ábside. En los muros perimetrales de las naves laterales se abren hornacinas de gran tamaño para albergar los retablos.
El presbiterio es amplió para permitir la instalación del magnífico retablo mayor. Cierra el presbiterio una verja de plata Meneses, sobre la que existe una curiosa leyenda que se detalla en el apartado correspondiente al retablo mayor.
El crucero es amplio y se descompone en cinco zonas: una central que corresponde a la nave mayor, dos laterales y otras dos donde se instalan seis capillas. Como su brazo menor es más ancho que la nave principal, la planta de su crucero es rectangular y la cúpula ovoidea.
El edificio de la Parroquia de San Miguel es relativamente moderno, todo lo que hay en la iglesia es barroco. Es amplio, hermoso y digno de figurar entre las buenas construcciones religiosas del barroco navarro-aragonés.