Poco se sabe de los altares que tuvo la ermita antes de ser fabricados los actuales. Se tiene noticias de que había tres y los tres disponían de mesa y lápida, luego se podía celebrar misa en los tres.
El retablo mayor actual se hizo según acuerdo firmado el 25 de diciembre de 1637, entre el Ayuntamiento y los oficiales carpinteros de Corella encabezados por Diego Pérez de Bidángoz, su sobrino José Navarro, Pedro Crespo, Diego de Lafayete, Francisco Bienzobas, Andrés López, Juan Baños y Miguel Romeo, que se ofrecieron para hacer el retablo destinado a la Virgen del Villar, con las condiciones de que el Ayuntamiento les diese la madera, se les abonase 200 ducados por la mano de obra y que se les reservase de ir a la guerra, por el tiempo que a la ciudad le pareciese (España estaba en guerra con Francia). El Municipio les garantizó que durante seis años no serían llamados a las armas.
El tracista del retablo fue Diego Pérez de Bidángoz, a quien en todo momento se le da la preferencia e importancia de su papel directivo; era de raza de artistas y tenía en Corella un bien montado taller.
El retablo, desde el punto de vista arquitectónico, corresponde a la primera etapa del barroco corellano, esa etapa culminada en el retablo mayor de Nuestra Señora del Carmen. Está dividido en tres calles, de las cuales, la central forma el motivo esencial del altar, con una gran ventana ovalada, abierta al camarín de la Virgen. Esta gran ventana, con su basamento y su dosel (dosel tardío, como denota la corona borbónica que lo remata), ocupa toda la altura del cuerpo noble.
Las dos calles laterales forman a su vez dos pisos flanqueados por columnas extremas e independientes y enmarcan lienzos dedicados a la vida de la Virgen. Las calles descansan sobre una predela de lienzos pintados y el camarín se remata con un cuerpo central de frontón partido flanqueado por romanatos y por los escudos de la ciudad. Este remate superior es una especie de segundo altar y entre sus columnas hay un lienzo de la Crucifixión.
El conjunto es agradable, bien compuesto y resulta incluso avanzado para aquellos años en que todavía el barroco español apenas había salido de abultamientos y carnosidades; tiene columnas de espiral, cornisas curvas voluta y frisos decorados con profusión; en cambio, se repite con excesiva monotonía alrededor de los cuadros y expositor del Santísimo un collarino simplote y tosco, carente de gracia y de ingenio.
Está decorado en blanco y oro con fondos rojos.