La basílica presenta una sencilla estructura de nave única, en forma de cruz latina, de cinco tramos, cabecera recta y crucero. Se cubre con bóvedas de medio cañón con lunetos y cúpula de media naranja sobre el cuadrado del crucero, que está rematado con una cúpula ciega apoyada sobre pechinas.
La ornamentación es la barroca del tiempo, con pilastras dóricas libremente interpretada por el tracista.
En el interior se han realizado reformas como poner suelo de mosaico al presbiterio y que posteriormente se volvió a poner de madera, se sustituyó la verja del comulgatorio por una balaustrada de granito artificial, y que posteriormente se sustituyó por una de mármol blanco, pero independientemente del mayor o menor acierto constructivo, por encima de todo está el cuidado que los PP. Pasionistas han prestado a la conservación de la iglesia y el culto religioso que se ha multiplicado bajo esta provechosa etapa.
Cabe destacar la decoración de la iglesia realizada en 1938 por el pintor de Pamplona, Francisco Ibáñez, llevada a cabo entre los meses de agosto a octubre, siendo de la cornisa para arriba pintada al temple y de dicha cornisa hacia abajo al óleo. Francisco Ibáñez, junto a alguno de sus hijos, fundaría posteriormente “Cuadros Ibáñez”, en la calle Zapatería en Pamplona.
En 1947 se procedió a la sustitución del comulgatorio existente, por otro de mármol torneado y se cambió el pavimento del Presbiterio.
Entre 1974 y 1975 se procedió al cambio del suelo y zócalo interior, y a la decoración de paredes y techos, siendo la decoración obra de los pintores corellanos Torres y Segura, bajo la dirección de D. José Luis Arrese.
Se cambió todo el suelo, sustituyendo la tarima o madera por mármol, instalando calefacción y también se realizó una nueva instalación del tendido eléctrico.
En 1976, se renovó el zócalo exterior del Santuario por ladrillo cara vista y se instaló alumbrado exterior.