En 1970 las monjas decidieron abandonar el convento, poniendo a la venta el monasterio, encontrándose con que no poseen título de propiedad porque el Mariscal Baigorri en su testamento fundacional, cedía el monasterio a las MM. Carmelitas.
Este título de propiedad fue posible conseguirlo, al iniciar un expediente por ocupación continuada, alcanzándose dicho título dos años después, pudiendo de este modo proceder a su venta.
En 1973, José Luis de Arrese y su esposa María Teresa Sáenz de Heredia, compraron la iglesia y convento de las monjas Benedictinas de Clausura advocado a la Encarnación, trasladando parte de su colección para convertirlo en museo, dotando a Corella de un Museo de Arte Sacro.
A su vez ambos cónyuges constituyeron en Corella el 28 de junio de 1973, ante el notario Daniel Pacheco Marroquín, la Fundación Arrese, que absorberá la anterior creada en 1963.
El 15 de octubre de 1975 se procede a la inauguración de la primera etapa del Museo de la Encarnación, de Arte Sacro, consistente en el zaguán, el vestíbulo, la iglesia, la Sala de Ornamentos, la Sala de Claudio Coello, los dos claustros (alto y bajo) y en la segunda planta, otras dos Salas, el ante-coro, el coro alto y la sala de los castigos.
Estuvo abierto hasta 1997 que se procedió a su nueva restauración, prolongándose hasta el 8 de noviembre de 2001, día en el Príncipe de Asturias, acompañado del Presidente del Gobierno de Navarra y otras personalidades, llevaron a cabo la segunda inauguración.
En esas fechas todavía faltaba la restauración de la iglesia que duró hasta el año 2003. Fue precisamente en abril de 2003 cuando se abrió nuevamente al público.
El Museo dispone de once salas, iglesia, claustro bajo y alto, un antecoro, un coro y varios tránsitos entre salas.
Seguidamente se realiza un resumen de las obras que en el mismo pueden contemplarse.
La Sala I, que corresponde a la antigua portería conventual, alberga y destaca una hermosa talla procesional de “Jesús atado a la columna”, procedente de la parroquia del Rosario. También podemos contemplar el motivo central del retablo de San Juan y un lienzo de Nuestra Señora del Pilar y Santiago con sus discípulos, en medidas de 2,04 metros de alto por 1,53 metros de ancho, probablemente de Juan de Lumbier.
En la Sala II (antigua sacristía) entre otros hay una estatua gótica de Santa Quiteria (Virgen invocada contra la rabia), la custodia de Malta, la tabla de los “Cinco Santos”, Virgen sedente de Cameros, cabeza de Cristo coronada de espinas, cruz gótica procesional, cuadro de San Cosme y San Damián, óleo sobre tabla de San Sebastián, un cirial y un bargueño del siglo XVIII.
En el tránsito de la Sala II a la III, hay dos lienzos del Señor y de la Virgen y una talla de la Virgen del Rosario de tamaño extraordinario, ignorándose su autor, tallada hacia el año 1610.
La Sala III contiene ornamentos sacros traídos de las parroquias y que estaban en desuso por lo moderna liturgia; entre ellos tenemos las cuatro casullas que dentro del conjunto genovés regalaron los hermanos Aguado para los cuatro sacerdotes que en la procesión del Corpus llevaban la gran Custodia “de las esmeraldas”.
En la Sala IV se encuentran el retablo de San Jorge, procedente de Eraúl (Navarra).
En la Sala V, en dos estancias y en sus correspondientes vitrinas, se exponen el “Terno de los Aguado” y en una segunda estancia el “Terno de las Calaveras” y un “Terno de Toledo”, bordado en los talleres toledanos.
La Sala VI está dedicada a Claudio Coello, donde se exponen obras de este pintor y donde hay una lápida de mármol rojo, relativa al enterramiento de don Bartolomé López de Cáseda, esposo de Doña Luisa del Castillo, y que esta trasladó de Madrid para su enterramiento en este convento, una vez obtenida la oportuna autorización.
El Claustro bajo es pequeño, tiene un jardín con pozo en medio y se destinó a cementerio de la comunidad y a confesorio. En sus naves podemos contemplar, entre otros, una estatua de San Francisco Javier y otra de San José, que estaban en esta iglesia, una imagen de La Caridad en relieve sobre losa de alabastro, atribuida a Gil de Siloe, del gótico isabelino de los últimos años del siglo XV; una pintura al óleo sobre tabla de pino del infante Jaime de Aragón y un espléndido grupo escultórico de los santos hermanos San Celedonio y San Emeterio, tallado en piedra arenisca y policromado, de estilo románico.
En la escalera principal de acceso a la segunda planta, hay un lienzo de la Inmaculada del siglo XVIII y quizás de un pintor modesto; una talla de San Pedro Nolasco procedente de la iglesia de la Merced, con un grillete en la mano, como símbolo de la misión de los mercedarios de liberar esclavos. Dos columnas helicoidales talladas en 1632 sujetan las ménsulas y la viga; los cuatro tramos de barandilla están formados por balaustres procedentes del comulgatorio.
La Sala VIII está dedicada a Antonio González Ruiz, exponiéndose obras de este pintor corellano, comentadas en la fotografía correspondiente a dicha sala.
El Claustro alto alberga una talla de San Francisco de Asís, de autor desconocido, data de 1735, mide 1,34 metros de alta y estaba en el altar del lado de la epístola de esta iglesia; una cabeza de San Pedro Nolasco procedente de la iglesia de la Merced; un óleo sobre lienzo representando las bodas místicas de Santa Catalina del taller de Corregio.
En la Sala IX se pueden contemplar un Cristo gótico; una talla de Santiago de 1572 procedente de la iglesia de San Miguel; otra talla de Santiago de menor tamaño; un Ecce Homo procedente de la iglesia de la Merced; un lienzo que representa a San Diego y otro a San Julián, procedentes de la ermita de San Juan; una talla en busto de Virgen con el Niño de hacia el año 1600.
A través de tres escalones se llega el Coro alto donde se pueden apreciar un Niño Jesús, terracota de Juan de Mena; una talla de la Virgen y un estuche para guardar cálices.
Continuamos de nuevo por el Claustro alto y podemos contemplar un lienzo de la Asunción, de Berdusán, en medidas de 1,34 metros de alto por 1,41 metros de ancho; un lienzo de San Joaquín y Santa Ana; un lienzo de la Visitación de Santa Isabel a la Virgen y un lienzo de San Francisco, quizás de Berdusán padre.
En la Sala X podemos ver un óleo sobre tabla de la Magdalena, procedente de la ermita de San Juan; un óleo sobre tabla de el Nacimiento, de Pedro de la Puebla, pintado el año 1569; un óleo sobre tabla de la Sagrada Familia, del pintor flamenco Roland de Mois, pintado en 1573; un óleo sobre tabla de la Circuncisión, pintado en 1569 por Pedro de Paula; un cuadro del Niño Jesús, que representa el Niño apoyado en una calavera y que constituye uno de los llamados “Niños de Nápoles”; un cuadro de los espejos, tratándose de un óleo sobre cobre pintado en invertido por ambas caras, en una ellas está la Visitación y en la otra los Desposorios, en dimensiones de 0,16 metros de alto por 0,21 metros de ancho, siendo lo curioso de este cuadrito su disposición ya que está montado en plano horizontal y mediante dos espejos a 45 grados pueden verse las dos caras como si las figuras estuviesen ambas en plano vertical (parece ser que en España no hay más de tres o cuatro montajes similares); por último cuatro pinturas al temple sobre tabla con los padres de la Iglesia.
La Sala XI contiene varios obras entre las cuales podemos apreciar un cuadro de la Virgen con el Niño, óleo sobre lienzo de la escuela italiana; dos lienzos en medio punto de la capilla de los Aguado en la Merced y que bien podría ser obra de un joven Antonio González Ruiz, antes de salir de Corella; cuadro de una Santa desconociéndose el autor y la Santa representada; un óleo sobre lienzo de Santa María Magdalena, de autor desconocido y que muestra una buena traza en su figura central; cuadro de San Francisco de Paula, tratándose de una copia libre del original de José Ribera del palacio de la nunciatura de Madrid; un óleo sobre tabla que representa la Adoración del Niño, que puede atribuirse a una escuela afín a Bayeu; un óleo sobre lienzo de Matías Ximeno de fecha 1645; un óleo sobre lienzo que representa el martirio de San Vicente, de autor desconocido; un óleo de la glorificación de San Cayetano, copia realizada por Juan Pareja del original de la catedral de Málaga atribuido a Alonso Cano; un óleo sobre lienzo de San José con el Niño Jesús en brazos, de la escuela sevillana; una magnífica copia del Cristo de Velázquez realizada por Emilio Sala, que fue director del Museo del Prado, realizada en 1910; un gran boceto del Triunfo de la Iglesia obra del napolitano Corrado Giaquinto, con intención, probablemente, de plasmarlo en algún gran mural en los que era especialista.