La fundación del Monasterio de la Encarnación se debe a la conjunción de dos personajes ilustres y dispares: el fogoso y turbulento militar corellano Don Pedro de Baigorri (1593-1669), y la mística dama de Toledo Doña Luisa Álvarez del Castillo y Osorio, viuda en segundas nupcias del Secretario del Rey Felipe IV, Bartolomé López de Cáseda, de naturaleza navarra.
Pedro de Baigorri es el tipo cabal de la aventura: bastardo, (era hijo de Miguel de Baigorri Tardez y Gracia Ruiz, su criada) Maestre de Campo, Capitán General y Gobernador de Buenos Aires, Caballero de Santiago, rezador y pendenciero, valeroso en los campos de batalla, contrabandista y fundador de conventos.
En 1659, en Corella existían el monasterio de PP. Carmelitas y el de PP. Mercedarios, pero ninguno en el que las hijas de Corella pudieran profesar en su lugar natal. Don Pedro concibió la idea de llenar esta laguna y escribió a dos sacerdotes corellanos parientes suyos, Francisco y Juan González Virto, para que solicitasen las autorizaciones correspondientes del Ayuntamiento, procediesen a la compra de los terrenos apropiados y fueran levantando los muros del futuro edificio que sería consagrado bajo el patrocinio de la Encarnación, para lo cual les remitió la cantidad de 16.000 reales de a ocho.
Las obras comenzaron el año 1660 y se desconocía a qué Orden religiosa se debería entregar la fundación, ya que a este respecto no se tenían noticias de Don Pedro, y este silencio propició que vinieran a Corella las MM. Benedictinas.
En 1667, Don Pedro de Baigorri fue acusado de defraudación a la Hacienda Real, contrabando de metales preciosos y enriquecimiento indebido, falleciendo en Buenos Aires el 13 de octubre de 1669.
Para esas fechas el monasterio estaba terminado y sin habitar, conservando todavía la incógnita de la Orden religiosa que lo ocuparía, siendo necesario realizar su mantenimiento.
En el verano de 1669, familiares de Don Pedro acordaron poner el caso en manos del Sr. Obispo de Tarazona, gobernando la Diócesis el monje benedictino Miguel de Escartín, que parece ser inclinó la balanza hacia su religión, si bien se produjo también la coincidencia de que en Madrid, Doña Luisa Álvarez del Castillo y Osorio, que acababa de enviudar de su segundo marido Bartolomé López de Cáseda, natural de Sangüesa, no tenía hijos y decidió dedicar su vida y su fortuna a fundar un convento de monjas benedictinas en el cual profesaría, y sabiendo que en Corella había uno recién construido, realizó las gestiones oportunas, consiguiendo que el Sr. Obispo de Tarazona asintiese a la cesión, al igual que los familiares de Pedro Baigorri.
El 12 de Septiembre de 1669, viene a Corella Luisa Álvarez del Castillo y Osorio, a tratar sobre la fundación del convento de las Monjas Benitas, acordándose su asentamiento en dicho convento y así fue como Doña Luisa vino a Corella el sábado 3 de mayo de 1670, para establecerse definitivamente, saliendo a recibirles una comitiva encabezada por los Regidores Miguel de Ágreda y Luna y Pedro de Sesma Pardo. Se formalizaron las correspondientes escrituras y el martes 6 de mayo fue el día señalado para dar comienzo la vida del nuevo monasterio y Doña Luisa, junto a tres novicias y cuatro monjas del convento de San Plácido de Madrid, entraron procesionalmente en el convento.
Doña Luisa, nacida en Toledo en 1610, era hija de D. Diego Álvarez del Castillo y de Dª Bernardina de Osorio y Valenzuela, falleció en Corella el 7 de enero de 1696 a la edad de ochenta y cinco años.